A mediados del siglo xiv a. de C. surgió la figura controvertida de Amenofis IV, Akenatón, hijo y sucesor de Amenofis III. El rey siguió las tradiciones de sus antepasados; sin embargo, pronto Akhenaton separó de la ortodoxia y creó la religión de Atón. Esta fue basada en especulaciones teológicas, que identificaban a Atón con el disco solar, tenido como fuerza eterna y vivificante.
Este culto aparece con Tutmosis IV y Amenofis III. Sin embargo, este adquiere un nuevo y potente desarrollo con Akhenaton, o Akhenatón. Anteriormente llamado Amenofis IV. En esta revolución herética se esconden profundos motivos políticos, que se resumen en la fuerte oposición a Amón y a su clero. Quien fue convertido en primera potencia económica del reino, y dotado de gran fuerza política.
Akenatón crea una nueva religión: Atón.
Akenatón pretendía crear una nueva autocracia basada en su nueva religión, de la que él era el sumo sacerdote y único intérprete. Asimismo, abandonó Tebas y construyó una nueva ciudad: “Akhetaton (Tell el-Amarna)”, nueva capital del reino. La religión atoniana es monoteísta y universalista, y no necesita representaciones antropomórficas. Debido a que el disco solar es omnipresente. Al ser excluyente, los otros cultos fueron prohibidos, en especial el de Amón, que sufrió una auténtica persecución.
Akhenaton no tuvo hijos varones, por lo que fueron sus yernos quienes heredaron el trono. Primero Semenkhare, quien reinó conjuntamente con Akhenaton. Luego Tutankhaton, quien permaneció fiel al culto atoniano durante tres años, tras los cuales volvió al uso tradicional y él tomó el nombre de Tutankhamon. Tras varias incidencias sucesorias, el poder pasó a Horemheb, un militar que casó con una princesa real y él contó con el apoyo del clero de Amón. Aunque está considerado el último faraón de la XVIII dinastía, en realidad es el fundador de la siguiente. Pues, sentó las nuevas bases de Egipto. Su obra, resumida en el Edicto de Horemheb, se centró en la reconstrucción del reino en los aspectos religioso (persecución de la herejía atoniana), político y económico.
